Maverick Vinales centra la pole position a Misano. Le quattro Yamaha ai primi quattro posti: dietro di lui Morbidelli, Quartararo e Valentino Rossi 
Pole position del Gran Premio di San Marino di MotoGP e nuovo record della pista di Misano Adriatico per Maverick Vinales, che proprio negli istanti finali delle qualifiche ferma i cronometri su 1:31.411, ben tre decimi più veloce di tutta la concorrenza. Si tratta della sua seconda partenza al palo della stagione, dopo quella in Austria, e della seconda di fila sulla Riviera romagnola. Ma ad impressionare è stata soprattutto la superiorità assoluta della Yamaha, che ha monopolizzato le prime quattro posizioni della griglia di partenza.
Alle spalle dello spagnolo si piazzano infatti Franco Morbidelli e Fabio Quartararo. Valentino Rossi, a causa di un errore, ha visto sfumare la prima fila dello schieramento, ma la quarta casella è comunque il suo miglior piazzamento di partenza della stagione a pari merito con quello di Jerez de la Frontera, dove salì sul podio.
I primi degli inseguitori sono i due piloti della Ducati Pramac, Jack Miller e Pecco Bagnaia (quest’ultimo al rientro dall’infortunio), quinto e sesto rispettivamente. Seguono le due Suzuki di Alex Rins e Joan Mir, settimo e ottavo. Solo nona posizione per Andrea Dovizioso, mentre i primi dieci sono completatoda Johann Zarco, con la Desmosedici dell’anno scorso con i colori del team Avintia.
MotoGP Misano: la griglia di partenza
| Pos | Pilota | Naz | Team | Tempo | Giro | Vel max |
| 1 | Maverick Viñales | SPA | Monster Yamaha (YZR-M1) | 1’31.411s | 9/9 | 290k |
| 2 | Franco Morbidelli | ITA | Petronas Yamaha (YZR-M1) | +0.312s | 7/7 | 288k |
| 3 | Fabio Quartararo | FRA | Petronas Yamaha (YZR-M1) | +0.380s | 3/7 | 289k |
| 4 | Valentino Rossi | ITA | Monster Yamaha (YZR-M1) | +0.466s | 3/8 | 287k |
| 5 | Jack Miller | AUS | Pramac Ducati (GP20) | +0.641s | 8/8 | 298k |
| 6 | Francesco Bagnaia | ITA | Pramac Ducati (GP20) | +0.643s | 3/7 | 302k |
| 7 | Alex Rins | SPA | Suzuki Ecstar (GSX-RR) | +0.679s | 8/9 | 292k |
| 8 | Joan Mir | SPA | Suzuki Ecstar (GSX-RR) | +0.691s | 9/9 | 289k |
| 9 | Andrea Dovizioso | ITA | Ducati Team (GP20) | +0.773s | 9/9 | 298k |
| 10 | Johann Zarco | FRA | Reale Avintia (GP19) | +0.807s | 7/7 | 297k |
| 11 | Pol Espargaro | SPA | Red Bull KTM (RC16) | +0.855s | 5/5 | 296k |
| 12 | Miguel Oliveira | POR | Red Bull KTM Tech3 (RC16) | +0.912s | 3/4 | 292k |
| 13 | Aleix Espargaro | SPA | Aprilia Gresini (RS-GP) | 1’32.295s | 2/6 | 291k |
| 14 | Takaaki Nakagami | JPN | LCR Honda (RC213V) | 1’32.382s | 8/8 | 293k |
| 15 | Danilo Petrucci | ITA | Ducati Team (GP20) | 1’32.418s | 3/7 | 298k |
| 16 | Brad Binder | RSA | Red Bull KTM (RC16)* | 1’32.534s | 7/8 | 293k |
| 17 | Tito Rabat | SPA | Reale Avintia (GP19) | 1’32.791s | 3/7 | 297k |
| 18 | Iker Lecuona | SPA | Red Bull KTM Tech3 (RC16)* | 1’32.838s | 8/8 | 290k |
| 19 | Stefan Bradl | GER | Repsol Honda (RC213V) | 1’32.915s | 8/8 | 294k |
| 20 | Bradley Smith | GBR | Aprilia Gresini (RS-GP) | 1’33.166s | 8/8 | 293k |
| 21 | Alex Marquez | SPA | Repsol Honda (RC213V)* | 1’33.333s | 8/9 | 294k |
